当时，一些当地基层官员的气焰非常嚣张。采访中，一名农妇告诉记者，“渗灌池没放过水，从来没用过”，跟在摄制组后面的一名乡干部立即大声呵斥她：“谁胡说我就收拾谁！”由于《新闻调查》采用双机拍摄，当时镜头正一个对准记者王利芬，一个对准那名农妇。听到那名乡干部说话后，敏锐的摄影师迅速将对准记者的镜头转向那名乡干部，记录下了这意味深长的一幕。

　　在调查中，记者发现了渗灌井后面的秘密，插在农田里的所谓“水管”其实是一根木头，在木头上甚至已经长出了木耳。

　　取得了扎实的证据后，摄制组回到了北京。回京后，当地政府为此下的力气之大，动用人员之多，大大出乎他们的预料。“运城的几个人，不断在我们办公室的走廊里串来串去。他们最后判断：该节目肯定不播了。除了少数几个人，我们也都以为不播了，大家垂头丧气。”

　　10月16日清晨，一哨人马由时任制片人的夏骏带队，直奔北京首都机场。起飞前15分钟，夏骏才在候机厅一个偏僻的角落，说明了此行的目的：当晚央视1套21时10分将播出《透视运城渗灌工程》，为了了解当地政府和百姓对该节目播出后的反应，评论部在节目播出当晚前往运城采访拍摄，并将制作成一期《焦点访谈》，两日后播出。之所以临起飞才说明，因为当地政府活动能力不可小视，一旦走漏风声，当晚《新闻调查》的播出很可能泡汤。

　　这一次去运城，摄制组改为先飞抵河南省洛阳市，然后在洛阳市牡丹大酒店包租一辆面包车，从陆路进入运城境内。店方反复追问，赴运城有何公干，均未得到正面回答。最后店方要求先付款后出车，要价颇高。

　　当晚11时多，摄制组结束一天工作后在运城大酒店下榻，并叮嘱司机把车停在凭窗可以目及的地方。司机终于忍不住了，用河南普通话问道：“你们到底是来干啥？我以前开车去邢台解救过人质，结果反被人家扣下了。咱们是不是也有危险？”

　　次日，摄制组制作的这期节目播出。播出时，时任国务院总理的朱镕基正在广西壮族自治区北海市迎宾馆就餐。看罢节目，朱镕基沉默不语。夫人劳安劝他多吃一点，他将饭碗一推，低声说道：不吃了！ 直到今天，被专家排除“非典”的记者，依然是一个被治愈的“非典”患者

　　2003年，在甘肃省武威市双城镇的一个深夜，《新闻调查》记者柴静对一个男孩的采访进行到一半，当地镇政府派人来敲门，企图阻挠。柴静问男孩，你愿意跟我回酒店接受采访吗？男孩说，我愿意。柴静下意识地问，为什么？男孩的回答出乎意料，他说，因为我看过你对“非典”的报道。

　　就在此前不久的春夏之交，中国面临一场史无前例的灾难——“非典”在中国和其他国家肆虐。

　　在当时的环境下，很多栏目出于安全的考虑，开始重播老节目。但张洁和他的同事最终选择了冲上一线。

　　“我是一名记者。我不想在多年以后我的孩子问我‘妈妈，那时候你在哪里’的时候，告诉他我在家里看电视。”柴静这样解释为什么在谈“非”色变的日子里，自己几乎是“迫不及待”地要求参加“非典”报道的一线采访。

　　《新闻调查》播出的第一期“非典”报道是4月26日的《北京：“非典”阻击战》，第一次在电视屏幕上全面直接地反映了北京市医疗系统在抗击“非典”中的接报、隔离、诊断、急救、消毒等各个环节。之前人们都不知道SARS是什么样子，在这个片子里第一次看到了SARS病人。

　　在柴静的调查手记中，有这样一段文字：“在(北京大学)人民医院，当朱继红蹲下身，打开急症室‘天井’的铁锁时，我难以形容自己内心的震动——这就是历史，所有的椅套上都是‘星期四’的字样。那是4月17日，天井关闭当天的时间，之前发生的一切就凝结在这里。那些凌乱不堪的床，堆积在桌上纸张发脆的病历，每一页翻开都是‘发热’、‘发热’、‘发热’……”

　　5月4日，《新闻调查》决定赴甘肃省定西市拍摄有关农村防治“非典”的节目。媒体当时对农村如何应对“非典”鲜有报道，而定西农村有不少在北京打工的人，《新闻调查》想把定西作为一个麻雀来解剖，以回答人们的疑问。